アイコンがウザいだけなら、タスクバー上で右クリック→「プロパティ」で「タスクバー」タブの「カスタマイズ」を選び、表示された項目ごとの「動作」を「アクティブでないときに非表示」または「常に非表示」にすれば見えなくなる。システムトレイにアイコンが10個以上あるなどの場合はずいぶんスッキリするはず。
ツールによって違うが、システムトレイへの常駐をやめたいときは、アイコンをクリックまたは右クリックすれば、常駐を解除するメニューが表示されることが多い。